实验室实行实验室主任负责制和学术委员会评审制。实验室设主任1名；常务副主任1名，副主任5名。主任负责并分管技术的研发和行政工作；设专职秘书1名，协助主任开展实验室管理与协调工作，实验室设办公室，处理日常事务。办公室负责实验室日常统一管理，包括各项管理与工作制度的实施、条件建设、设备设施维修、科研成果、内外联系、学术活动、后勤保障、环境卫生等的统一管理。实验室主任由依托单位组织向国内外公开招聘和推荐，教育部聘任。“有色金属成矿预测”实验室是一个相对独立的科研实体。为了保障本实验室有序和高效的运行，促进实验室各项工作的顺利开展，成立由“地矿类”相关领域知名学者组成的学术委员会，定期召开会议，研讨有色金属成矿领域的前沿动态，审议实验室的目标任务和研究方向，监督实验室的年度工作，审批开放基金课题的设立，使实验室的科研水平达到国内外一流水平。